Recomendo hoje duas formas bastante úteis para gerenciar projetos pela Internet: Kontup e Thymer.
Thymer tem uma estética bem minimalista, muito simples de usar, com relatórios de resultados e possibilidade de gerenciar tempos e tarefas entre uma equipe de trabalho.
Cores relaxantes e a possibilidade de ver todas as tarefas pendentes em uma única página com cores indicando os riscos do cronograma de cada projeto.
Está em beta privada, podem solicitar convite pelo site www.thymer.com.
Kontub é muito semelhante, com uma estética um pouco mais elaborada e com ajax para agilizar o uso do site web.
Tarefas, informes de pendências e 100% gratuito para testar sem medo.