Quando trabalhava como analista de dados no grupo Neoenergia tinha que comparar freqüentemente o conteúdo de arquivos de texto. Geralmente usava o Pspad ou File comparer.
Hoje temos uma ferramenta web que realiza o mesmo trabalho: comparemyfiles.com.
Temos que subir os dois arquivos e esperar o resultado: duas colunas com o conteúdo de cada arquivo em cada uma, marcando as linhas que são diferentes.
Não provei com arquivos de mais de 100 megas, mas é sem dúvida uma ferramenta que pode ser muito útil para o nosso dia a dia.