Aplicações web que permitam realizar faturas para ser compartilhadas online com os clientes tem muitas, mas nunca falei de alguma que possa ser instalada no nosso servidor e alterar o código dela para se adaptar às necessidades de cada um.
siwapp é uma aplicação open-source, programada com o framework Symfony (PHP), que, estando ainda em versão alpha, permite personalizar as faturas dos clientes e alterar vários parâmetros para facilitar o uso.
Se tem os conhecimentos de programação necessários poderão alterar o sistema para que seja mais flexível ainda. Eu prefiro esperar um pouco para ver a evolução da plataforma que, segundo os screenshots, promete.