Se não gostam ou não podem usar nenhuma das opções que comentei para gerenciar faturas pela Internet, pode ser que precisem de uma ferramenta opensource para que seja alterada a vontade.
Aqui tem algumas das melhores opções que conheço.
MyClientBase
Uma aplicação gratuita que podem instalar no seu servidor sem nenhum custo adicional, estando os arquivos abertos para receber qualquer tipo de alteração (funcionalidades ou idioma).
Podem gerenciar clientes e faturas, oferecer descontos, informar pagamentos, ver relatórios.. uma solução muito completa.
Siwapp
Uma aplicação opensource programada com o framework Symfony (PHP), que permite personalizar as faturas dos clientes e alterar vários parâmetros para facilitar o uso.
Codeka
Desenvolvido na Espanha, codeka permite controlar o faturamento e gerenciamento de inventário de uma pequena ou média empresa. Funciona sob licença GPL.
Para facturação online aconselho-te a experimentares o serviço invoic€xpress (www.invoicexpress.com)